Η ίδια η καύση του biodiesel παράγει την ίδια περίπου ποσότητα CO2, που παράγεται κατά την καύση των συμβατικών καυσίμων. Όμως η ποσότητα αυτή ισούται με την ποσότητα CO2 που έχει απορροφήσει από την ατμόσφαιρα το φυτό από το οποίο προέρχονται τα βιοκαύσιμα.
Έτσι το ισοζύγιο CO2 από την ανάπτυξη του φυτού έως και την καύση του παραγόμενου biodiesel κυμαίνεται από περίπου 30%, όταν η Α’ ύλη παραγωγής του είναι πρωτογενή φυτικά έλαια (ηλιέλαιο, σογιέλαιο, κραμβέλαιο κ.λ.π. ) και φτάνει έως το 88%, όταν προέρχεται από Απόβλητα Φυτικά Έλαια (UCO).
Στην περίπτωση λοιπόν, χρήσης αποβλήτων ως Α’ ύλη, όπως Χρησιμοποιημένα Φυτικά Έλαια και Ζωικά Λίπη, η μείωση αυτή στο ισοζύγιο του CO2 φτάνει ή και ξεπερνάει ακόμη και το επίπεδο του 88%. Καθώς όχι μόνον δεν επιβαρύνεται η ατμόσφαιρα με CO2 για την παραγωγή τους, αλλά επιπλέον προστατεύεται και το περιβάλλον από τις επιπτώσεις που θα είχε η ανεξέλεγκτη απόρριψη τους. Αυτός είναι και ο βασικός λόγος για τον οποίο η χρήση biodiesel από απόβλητα, ενθαρρύνεται έντονα από την Ε.Ε.
