Ως προϊόν ανανεώσιμων πηγών ενέργειας, το βιοντίζελ είναι ένα καθαρό, μη τοξικό και βιοαποικοδομήσιμο καύσιμο, δεν περιέχει αρωματικές ενώσεις και οι εκπομπές των οξειδίων του θείου, μονοξειδίου του άνθρακα, άκαυστων υδρογονανθράκων και αιθάλης, που προέρχονται από την καύση του στις μηχανές ντίζελ, είναι πολύ χαμηλές.
Στο βιοντίζελ η περιεκτικότητα σε θείο είναι σχεδόν μηδενική. Επίσης, το βιοντίζελ περιέχει σημαντικά ποσοστά οξυγόνου (περίπου 10 % κ.β.) που καθιστά την καύση του λιγότερο ατελή, με αποτέλεσμα η περιεκτικότητα των καυσαερίων σε μονοξείδιο του άνθρακα (CO), άκαυστους υδρογονάνθρακες (HC) και αιθάλη (C) να είναι πολύ μικρότερη απ’ ότι στο συμβατικό ντίζελ.
Επιπλέον, η καύση του βιοντίζελ δεν αυξάνει ή αυξάνει ελάχιστα τις εκπομπές οξειδίων του αζώτου (ΝΟx) και συμβάλλει στη μείωση των αερίων του θερμοκηπίου τουλάχιστον κατά 3,2 κιλά ισοδύναμου διοξειδίου του άνθρακα (CO2) για κάθε κιλό βιοντίζελ, αφού η ποσότητα του CO2, που απελευθερώνεται κατά τη διάρκεια της καύσης, έχει προηγουμένως απορροφήσει από το φυτό από το οποίο προήλθε η πρώτη ύλη παραγωγής του.